Namun ia dikirim kembali ke Huronia pada tahun 1638 untuk membantu Santo de Brébeuf di wilayah misi yang baru.
Kemajuan suku Huron dibawah bimbingan para missionaris mendatangkan iri hati dari Suku Iroqouis (Mohawk).
Mereka menganggap para missionaris kulit putih adalah para tukang sihir yang berkerja bagi suku Huron dan mendatangkan kutukan wabah penyakit bagi mereka.
Iroqouis lalu menyatakan perang kepada suku Huron yang menampung para “tukang sihir kulit putih”.
Para Iroquois menyerang kompleks misionaris secara mendadak, saat sebagian besar prajurit suku Huron sedang berada jauh di pasar Quebec.
Dalam keadaan genting, pater Antoine bergegas menuju Kapela dimana para orang-tua, wanita dan anak-anak yang menjadi katekumen sedang belajar agama.
Antoine memberkati mereka, memberi absolusi umum dan membabtis para katekumen dengan memercikkan air berkat menggunakan saputangannya.
Kemudian demi menyelamatkan umatnya, Antoine menyuruh mereka melarikan diri dari pintu samping, sementara ia akan menghadang para penyerbu.
Dengan masih mengenakan jubah dan stola, sambil menggenggam salib di dadanya, Antoine menghadang para penyerbu di pintu gerbang kapela.
Sejenak, para Mohawk terkesima dengan keberanian Jesuit ini, kemudian menghujaninya dengan tembakan.
Pater Antoine Daniel SJ tewas seketika dengan tubuh penuh lubang peluru.
Para Mohawk melemparkan tubuhnya ke dalam kapel yang telah kosong, lalu kapel itu dibakar sampai habis.
Kematian Antoine telah menyelamatkan banyak nyawa suku Huron.
Antoine Daniel SJ adalah martir pertama dari para misionaris di Hurons.
Atasannya, Pater Ragueneau SJ, memberitakan kemartirannya melalui sebuah surat kepada Pemimpin Umum Yesuit dimana Antonie Daniel SJ disebut sebagai, "Seorang yang benar-benar luar-biasa, rendah hati, taat, bersatu dengan Tuhan, tidak pernah gagal dalam kesabaran, gigih dan berani menghadapi kesulitan"