Dia juga membatalkan reformasi proses pemilihan kepausan oleh Yohanes Paulus dan memulihkan praktik tradisional ketika dia menyatakan bahwa pemilihan paus baru membutuhkan dua pertiga mayoritas kardinal yang menghadiri konklaf.
Pada tahun 2008 Benediktus melakukan kunjungan pertamanya sebagai paus ke Amerika Serikat.
Dia berbicara menentang pelecehan seksual oleh para oknum klerikal dan menyampaikan pidato di Perserikatan Bangsa-Bangsa.
Belakangan tahun itu dia berpidato di Forum Katolik-Muslim pertama, konferensi tiga hari para teolog Katolik dan cendekiawan Islam yang diselenggarakan oleh Vatikan untuk mempromosikan pemahaman yang lebih baik antara kedua agama.
Benediktus membuat keputusan kontroversial pada Januari 2009 untuk mencabut ekskomunikasi empat uskup yang pada tahun 1988 telah ditahbiskan, tanpa sanksi kepausan, oleh Marcel Lefebvre (1905–91), seorang uskup agung Prancis ultrakonservatif yang dikucilkan bersama mereka.
Pada bulan November tahun yang sama, dalam tindakan menjangkau Anglikan konservatif, Benediktus menyetujui konstitusi apostolik, atau dekrit khusus, yang mengizinkan pendeta Anglikan dan orang awam untuk bergabung dengan Gereja Katolik Roma sembari mempertahankan beberapa tradisi Anglikan.
Pada tahun 2010 tuduhan pelecehan seksual dan fisik oleh pastor paroki dan di sekolah paroki -- khususnya di Jerman, Irlandia, dan Amerika Serikat --membuat Benediktus, dan perannya dalam kasus-kasus di Jerman khususnya, di bawah pengawasan media yang cermat.
Dalam sebuah surat gembala, Benediktus menegur para uskup gereja Irlandia karena kegagalan kepemimpinan.
Vatikan juga mengecam sebagai “palsu dan memfitnah” tuduhan bahwa sebagai prefek Kongregasi Ajaran Iman Benediktus telah bertanggung jawab atas kebijakan menutupi kasus pelecehan seksual, menyatakan bahwa penanganannya atas kasus tersebut menunjukkan “kebijaksanaan dan ketegasan."
Pada Februari 2013 Benediktus mengumumkan bahwa dia akan mengundurkan diri pada akhir bulan itu, dengan alasan usia dan masalah kesehatan.
Pidato publik terakhirnya di Lapangan Santo Petrus menarik lebih dari 50.000 orang.
Pada 28 Februari dia secara resmi mengundurkan diri, mengambil gelar paus emeritus, dan memicu spekulasi tentang apakah prioritas ini akan berfungsi untuk menormalkan pengunduran diri paus di masa depan.
Pemilihan berikutnya Paus Fransiskus membawa kepausan ke wilayah yang belum dipetakan dengan dua paus yang tinggal berdekatan di Istana Vatikan .
Pada tahun 2022, sebuah laporan yang ditugaskan oleh keuskupan agung di Munich menuduh pensiunan paus itu salah menangani setidaknya empat kasus pelecehan seksual oleh para imam ketika dia menjadi uskup agung di sana.
Benediktus membantah melakukan kesalahan dalam kasus tersebut tetapi meminta pengampunan atas penanganan kasus tersebut. ***