Ia pernah menjabat sebagai Asisten Teritorial (Aster) Kepala Staf Umum TNI, Koordinator Staf Ahli Panglima TNI, Kepala Pusat Penerangan TNI, dan Sekretaris Jenderal Kementerian Pertahanan (2005–2010), yang sebelumnya bernama Departemen Pertahanan.
Baca Juga: Luhut Binsar Pandjaitan Kembali ke Pemerintahan, Ditunjuk Prabowo Pimpin Dewan Ekonomi
Pada 2010, setelah pensiun dari militer, Sjafrie kembali dipercaya mengisi posisi penting di pemerintahan, termasuk sebagai Wakil Menteri Pertahanan (2010–2014) dan Asisten Menteri Pertahanan bidang Manajemen Pertahanan (2019–2024).
Akhirnya, pada 21 Oktober 2024, Presiden Prabowo resmi melantik Sjafrie sebagai Menteri Pertahanan dalam Kabinet Merah Putih, melanjutkan tugas besar dalam menjaga pertahanan negara. ***