Penduduk setempat yang masih ingat Perang Dunia II akan memberi tahu pengunjung bahwa pada tahun 1944-145 Morotai adalah sarang kegiatan militer dengan puluhan serangan mendadak setiap hari dari pesawat yang lepas landas dan mendarat di landasan udara di sepanjang Teluk Daruba, bunyi ribuan sepatu bot militer yang berbaris tanpa henti pulau, dan kapal angkatan laut yang berlabuh setiap hari membawa perbekalan dan penguatan.
Bagi Morotai saat itu, adalah basis strategis Pasukan Sekutu dari mana mereka menyerang pos-pos di Filipina dan Kalimantan dalam perjuangan mereka melawan pasukan Jepang selama Perang Dunia II.
Pada tanggal 15 September 1944, Pasukan Sekutu dari Amerika Serikat dan Australia di bawah kepemimpinan Panglima Tertinggi Pasifik Barat, Jenderal Douglas MacArthur, mendarat di sudut barat daya Morotai, di mana beberapa waktu sebelumnya, Jepang telah membangun landasan terbang tetapi meninggalkannya demi pulau Halmahera di sebelah selatannya.
Di Morotai komando Jepang hanya menyisakan sekitar 500 tentara untuk menjaga pulau itu. Dengan peluang yang begitu besar, Pasukan Sekutu yang maju bukanlah tandingan sejumlah kecil pasukan Jepang.
Angkatan Laut Jepang kemudian mencoba merebut kembali pulau itu tetapi juga tidak berhasil.
Ketika Jepang meninggalkan Morotai, Jenderal MacArthur melihat ini sebagai peluang emas untuk merebut pulau yang dianggapnya sebagai lokasi paling strategis untuk serangan balik untuk merebut kembali Filipina dari Jepang.
Dengan lebih dari 50.000 tentara, Pasukan Sekutu menetap di Morotai.
Tanpa membuang waktu, Mac Arthur segera membangun sejumlah landasan terbang di atas tanah karang yang kasar.
Pada satu titik, Morotai dikatakan menampung tidak kurang dari 60.000 prajurit, dan memiliki rumah sakit besar dengan 1.900 tempat tidur.
Ada juga pangkalan angkatan laut yang sibuk di dekatnya.
Belakangan, Pasukan Australia juga menyortir dari Morotai untuk melancarkan serangan ke Kalimantan Utara.
Sarang kegiatan ini berlanjut hingga akhir Perang Dunia II saat Jepang menyerah pada 1945.
Sebelum meninggalkan pulau itu, Sekutu dikabarkan telah membakar semua bangunan di Morotai.
Pada tahun 1974 seorang tentara Jepang bernama Taruo Nakamura muncul dari hutan Morotai setelah bersembunyi di sana selama beberapa dekade tanpa menyadari bahwa Perang telah lama berakhir.
Saat ini, Morotai telah menjadi kenangan samar dalam sejarah operasi militer Perang Dunia II di Teater Pasifik, dan perannya dalam perjuangan kemerdekaan Filipina hampir dilupakan.